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1999年4月の日本政府調査団への参団に引続き、同年7月より100万人を越える難民を生んだコソボ紛争に対する医療復興支援を実施しました。対象地域としては、破壊が特に目立ったコソボ自治州北西部ペチ市周辺の主要診療施設（対象人口2万人）を選定しました。
医療機器や医薬品等の供与も含め、医療施設の再建を支援しましたが、活動に際してはWHO（世界保健機関）のコソボ医療復興基準に即した形での調整を図りました。本支援活動は、UNHCR（国連難民高等弁務官事務所）、WHO、UNMIK（国連コソボ暫定統治機構）等より高い評価をいただき、予定通り2000年1月に地元医療組織へ運営を移行しました。なお、この活動に対し、UNMIKおよび地元ペチ市より感謝状をいただきました。
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オペレーション
- 派遣者：医師3名、看護師8名、臨床検査技師1名、アドミニストレータ4名、ロジスティシャン1名（実人数）
- 搬入物資：医薬品・医療機器計2トン
- その他：車輌1台、無線機５基、衛星電話1基
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